Срок для обращения налогового органа в суд, установленный пунктом 3 статьи 48 Налогового кодекса Российской Федерации, в отношении исков к юридическим лицам исчисляется с момента истечения 60-дневного срока, предусмотренного пунктом 3 статьи 46 Налогового кодекса Российской Федерации для бесспорного взыскания соответствующих сумм.
Имея в виду, что данный срок является пресекательным, т.е. не подлежащим восстановлению, в случае его пропуска суд отказывает в удовлетворении требований налогового органа к юридическому лицу. Таким образом, предельный срок для реализации налоговым органом полномочия по взысканию сумм недоимок в судебном порядке рассчитывается следующим образом: со дня выявления недоимки в течение трех месяцев налоговый орган обязан направить налогоплательщику требование об уплате налога, далее учитывается определенный в требовании для уплаты налога в добровольном порядке срок, далее два месяца на вынесение налоговым органом решения о взыскании налога, сбора, пени и штрафа за счет денежных средств должника, или его имущества, после которых у налогового органа имеется 6 месяцев на подачу заявления в суд.
При этом судом отмечено, что в соответствии с подпунктом 4 пункта 1, пунктом 2 статьи 59 Налогового кодекса Российской Федерации вынесение судом акта об отказе в удовлетворении требований о взыскании недоимки, пеней и штрафных санкций в связи с истечением установленного срока их взыскания (в том числе по причине отказа в удовлетворении ходатайства о восстановлении пропущенного срока подачи заявления) является основанием для принятия налоговым органом решения о признании такой задолженности безнадежной к взысканию и ее списании.
Согласно пункту 9 Постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 30.07.2013 N 57 по смыслу положений статьи 44 Налогового кодекса Российской Федерации утрата налоговым органом возможности принудительного взыскания сумм налогов, пеней, штрафа, то есть непринятие им в установленные сроки надлежащих мер ко взысканию, сама по себе не является основанием для прекращения обязанности налогоплательщика по их уплате и, следовательно, для исключения соответствующих записей из его лицевого счета.
Согласно взаимосвязанному толкованию норм подпункта 5 пункта 3 статьи 44 и подпункта 4 пункта 1 статьи 59 Налогового кодекса Российской Федерации исключение соответствующих записей из лицевого счета налогоплательщика возможно только на основании судебного акта, в соответствии с которым налоговый орган утрачивает возможность взыскания недоимки, пеней, штрафов в связи с истечением установленного срока их взыскания, в том числе в случае отказа в восстановлении пропущенного срока подачи в суд заявления о взыскании этих сумм.
Вывод суда об утрате налоговым органом возможности взыскания налогов, пеней, штрафов в связи с истечением установленного срока их взыскания может содержаться в судебном акте по любому налоговому делу, в том числе и в мотивировочной части акта. Соответствующие записи должны быть исключены налоговым органом из лицевого счета налогоплательщика немедленно после вступления такого судебного акта в силу.
Подпунктом 4 пункта 1 статьи 59 Налогового кодекса Российской Федерации установлено, что одним из оснований является принятие судом акта, в соответствии с которым налоговый орган утрачивает возможность взыскания недоимки, задолженности по пеням и штрафам в связи с истечением установленного срока их взыскания, в том числе вынесение им определения об отказе в восстановлении пропущенного срока подачи заявления в суд о взыскании недоимки, задолженности по пеням и штрафам.
Согласно правовой позиции, изложенной в пунктах 9, 10 постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 30.07.2013 N 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации", по смыслу положений статьи 44 Налогового кодекса Российской Федерации утрата налоговым органом возможности принудительного взыскания сумм налогов, пеней, штрафа является следствием непринятия им в установленные сроки надлежащих мер к взысканию.