Утрата статуса участника проекта «Сколково»: налог на прибыль, пени и переход на IT-льготы

Письмо Минфина России от 15.05.2026 N 03-03-06/3/40731 разъясняет сложную ситуацию: организация осуществляла деятельность в области информационных технологий, применяла налоговые преференции как участник проекта «Сколково» или инновационного научно-технологического центра, но утратила этот статус. Какие налоги и пени нужно заплатить? Можно ли после утраты статуса перейти на пониженные IT-ставки? Ответы на эти вопросы критически важны для бизнеса, ведь ошибки ведут к доначислениям, штрафам и налоговым спорам. В таких случаях помощь адвоката по налоговым спорам становится необходимой.

Какие льготы были у участников проекта?

Отдельно пункт 1.15 статьи 284 НК РФ устанавливает для российских IT-организаций пониженные ставки:

• в 2022–2024 годах — 0%;
• в 2025–2030 годах — 5% в федеральный бюджет и 0% в бюджет субъекта РФ.

Когда право на освобождение утрачивается?

Пункт 2 статьи 246.1 НК РФ называет два случая.

1. Утрата статуса участника проекта

Право на освобождение утрачивается с 1-го числа налогового периода, в котором статус был утрачен (абз. 2 п. 2 ст. 246.1 НК РФ).

В этом случае сумма налога на прибыль за налоговый период, в котором участник утратил статус, подлежит восстановлению и уплате в бюджет с взысканием соответствующих сумм пеней (п. 3 ст. 246.1 НК РФ).

2. Превышение выручки в 1 млрд рублей

Право на освобождение утрачивается, если годовой объём выручки от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав) превысил один миллиард рублей, — с 1-го числа налогового периода, в котором произошло превышение (абз. 3 п. 2 ст. 246.1 НК РФ).

Но здесь есть важное послабление: прибыль, полученная после прекращения использования права на освобождение по этому основанию, облагается налогом по ставке 0% до налогового периода, в котором совокупный размер прибыли нарастающим итогом превысил 300 миллионов рублей и (или) в котором участник утратил статус (п. 5.1 ст. 284 НК РФ).

В налоговом периоде, где произошло такое превышение или утрата статуса, прибыль облагается по ставке пункта 1 статьи 284 НК РФ с начислением пеней за несвоевременную уплату налога и авансовых платежей (абз. 2 п. 5.1 ст. 284 НК РФ).

Какая ставка применяется при утрате статуса?

Пункт 1 статьи 284 НК РФ устанавливает ставку:

• 25% с 01.01.2025;
• 20% до 01.01.2025.

Соответственно:

• если статус участника проекта утрачен в 2023 или 2024 году, организация должна исчислить и уплатить налог на прибыль по ставке 20% и пени;
• если статус утрачен в 2025 году — по ставке 25% и пени.

Это прямо следует из письма Минфина России от 15.05.2026 N 03-03-06/3/40731.

Можно ли после утраты статуса применять IT-ставки?

С налогового периода, следующего за периодом утраты статуса участника проекта, организация, осуществляющая деятельность в области информационных технологий, вправе применять налоговые ставки, установленные пунктом 1.15 статьи 284 НК РФ, при выполнении условий этого пункта.

Но есть важное ограничение: с 01.01.2026 независимо от выполнения иных условий налоговая ставка по пункту 1.15 статьи 284 НК РФ не подлежит применению организациями, имеющими статус участника проекта (абз. 19 и 22 п. 1.15 ст. 284 НК РФ).

То есть если компания сохраняет статус участника проекта, IT-льгота ей недоступна. Это создаёт сложную дилемму: сохранять статус и терять IT-преференции или отказаться от статуса и перейти на IT-ставки.