Ведение деятельности через обособленное подразделение не является препятствием для применения упрощенной системы налогообложения, если подразделению не придан статус филиала. Однако создание филиала без намерения осуществлять деятельность через это обособленное подразделение не может служить основанием для прекращения применения специального налогового режима до истечения календарного года. Исчерпывающий перечень лиц, не имеющих право на применение упрощенной системы налогообложения, приведен в пункте 3 статьи 34612 Налогового кодекса. В частности, согласно подпункту 1 пункта 3 данной статьи запрет на применение упрощенной системы налогообложения установлен для организаций, имеющих филиалы. Законодательство о налогах и сборах не содержит определения понятия «филиал» для целей налогообложения, в связи с чем, в силу пункта 1 статьи 11 Налогового кодекса, данный термин следует применять в том значении, в котором он используется в гражданском законодательстве. В соответствии со статьей 55 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее – Гражданский кодекс) филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства. Филиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений. Руководители филиалов назначаются юридическим лицом и действуют на основании его доверенности. Филиалы должны быть указаны в едином государственном реестре юридических лиц.
Следовательно, само по себе создание обособленных подразделений (рабочих мест) вне места нахождения налогоплательщика не является препятствием для применения упрощенной системы налогообложения, если подразделениям не придан статус филиалов. Постановлением суда апелляционной инстанции, оставленным без изменения судом округа, решение суда оставлено без изменения. Пунктом 3 статьи 34613 Налогового кодекса предусмотрено, что, по общему правилу, налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения, не вправе до окончания налогового периода (календарного года) перейти на иной режим налогообложения. В той мере, в какой наличие филиала является препятствием для применения упрощенной системы налогообложения согласно подпункту 1 пункта 3 статьи 34612 Налогового кодекса, создание филиала может служить исключением из этого правила и основанием для перехода налогоплательщика к общей системе налогообложения до окончания налогового периода (календарного года). Однако, необходимые признаки филиала, упомянутые в статье 55 Гражданского кодекса, по существу, отсутствовали: филиал не имел собственного офиса (обособленных рабочих мест), штата работников и имущества, его руководитель назначен лишь номинально и не участвовал в управлении деятельностью филиала, которая фактически не велась. При этом формальное создание филиала позволило обществу претендовать на возмещение из бюджета налога на добавленную стоимость. Поэтому, действия налогоплательщика были направлены на обход положений пункта 3 статьи 346.13 Налогового кодекса и получение необоснованной налоговой выгоды в результате досрочного перехода к общей системе налогообложения.